Atelier Shallie: Alchemists of the Dusk Sea cierra la trilogía Atelier Dusk compuesta por las entregas anteriores; “Atelier Ayesha: The Alchemist of Dusk” y “Atelier Escha and Logy: Alchesmists of the Dusk Sky“. Esta trilogia está ambientada en un telón de fondo de un mundo que lentamente se está acercando a su fin; un mundo en el crepúsculo de su existencia.

Al igual que en ‘Escha and Logy’, en Atelier Shallie los jugadores pueden escoger a uno de los personajes principales: ya sea a la comedida Shallistera, hija de un líder tribal que se embarca en un viaje para encontrar para su padre enfermo, o la enérgica Shallotte, que ha estado luchando por el éxito de su tienda de alquimia tras heredarla de su padre. Aunque sus personalidades y apariencia son diametralmente opuestas, ambas comparten el apodo de “Shallie” y muestran las razones por las que emprenden sus aventuras— el Sistema de personajes principales duales ha sido mejorado con historias separadas y múltiples finales para Shallistera y Shallotte.